以下是污水處理常用的幾種消毒技術的對比(表)
| 消毒方式 | 優點 | 缺點 | 適用條件 |
| 紫外線消毒 | 符合環境保護要求，不會產生三鹵甲烷等“三致”物質；殺菌迅速。無化學反應接觸時間短，土建費用少；運行成本低，占地面積小 | 殺菌效果受出水水質影響較大，沒有持續殺菌能力 | 大、中、小型污水處理廠二級生化處理后的污水 |
| 液氯消毒 | 效果可靠，成本較低；投配設備簡單，投量準確 | 易產生“三致”物質，氧化形成的余氯及某些含氧化合物對水生物有毒害 | 大、中、小型污水處理廠二級生化處理后的污水、再生水 |
| 二氧化氯消毒 | 具有較好的消毒效果，不會產生“三致”物質 | 不能儲存，現制現用，制取設備復雜，成本較高 | 中、小型污水處理廠常南段二級生化處理后的污水和再生水 |
| 臭氧消毒 | 消毒效率高，不產生難處理的或生物積累下余物 | 投資大，成本高，設備管理復雜 | 常規二級生化處理后的污水/再生水 |
